Ante o exposto:
1. Quanto às questões processuais pendentes:
a) DEFIRO o pedido de retificação do polo passivo, para que passe a constar TAM LINHAS AÉREAS S.A., nome fantasia LATAM AIRLINES BRASIL, determinando à Secretaria que proceda às alterações cadastrais necessárias;
b) REJEITO a impugnação à inversão do ônus da prova;
c) CONSIDERO ATENDIDO o pedido de intimação exclusiva formulado pela requerida, nos termos do art. 272, § 5º, do CPC.
2. Quanto às preliminares e à suspensão processual:
a) DEIXO DE ANALISAR a impugnação à gratuidade da justiça, por ausência de objeto;
b) REJEITO a preliminar de ausência de interesse processual e de incompetência do Juizado Especial;
c) INDEFIRO a suspensão processual fundada no Tema 1.417 do STF, pelas razões expostas na fundamentação.
3. No mérito, com fundamento no art. 487, I, do Código de Processo Civil, JULGO PROCEDENTES OS PEDIDOS formulados por Marcela Rizzo Godinho e Grimalde Pires da Silveira Filho em face de TAM LINHAS AÉREAS S.A., e:
a) CONDENO a requerida ao pagamento de R$ 12.258,49 (doze mil duzentos e cinquenta e oito reais e quarenta e nove centavos), a título de indenização por danos materiais, já deduzido o reembolso de R$ 700,00 (setecentos reais) reconhecido pelos requerentes, com correção monetária pelo IPCA desde os respectivos desembolsos e juros moratórios desde a citação, pela taxa legal Selic prevista no art. 406 do Código Civil, observada a vedação à duplicidade de atualização monetária;
b) CONDENO a requerida ao pagamento de R$ 6.000,00 (seis mil reais) para cada requerente, totalizando R$ 12.000,00 (doze mil reais), a título de indenização por danos morais, acrescidos de juros de mora desde a citação, pela taxa legal prevista no art. 406 do Código Civil, correspondente à Selic deduzida do IPCA, até o arbitramento. A partir de então, aplica-se exclusivamente a taxa Selic, que engloba juros e correção monetária, nos termos da Súmula n. 362 do STJ, vedada sua cumulação com outro índice de atualização;
c) DETERMINAR que a requerida restitua 53.063 (cinquenta e três mil e sessenta e três) milhas à conta do programa de fidelidade utilizada na aquisição das passagens originais, no prazo de 15 (quinze) dias, contado da intimação para cumprimento da obrigação, comprovando a providência nos autos;
Sem custas e honorários advocatícios nesta fase processual, nos termos dos arts. 54 e 55 da Lei n. 9.099/95.
Após o trânsito em julgado e cumpridas as formalidades legais, arquivem-se.